厦门南洋学院后勤保卫处是学校基本建设、资产管理、后勤保障、安全管理、公寓服务的行政职能部门，下设总务科、基建科、保卫科、学生公寓服务中心四个职能科室。总务科负责资产管理和后勤服务保障工作的规划、协调、管理，确保学校资产的完整、保值、增值，为学校教学、科研和师生生活提供优质的后勤保障；基建科负责与学校有关部门共同编制、管理和执行校园建设总体规划和五年基本建设计划，代表学校负责基建项目的手续办理、设计管理、招标管理、造价管理、施工管理和质量保修工作，确保基本建设项目的顺利实施，为学校的教学、科研、学习、生活提供优质的用房保障；保卫科负责负责学校安全保卫工作，检查、监督和指导全校各学院、各单位创建“平安校园”工作；学生公寓服务中心负责学生宿舍楼的各项维修及设施设备的保障工作，学生公寓区的卫生、安全管理等。后勤保卫处于2012年3月由原后勤处、保卫处、基建处合并成立。